Azərbaycan tarixi kafedrası 1941-ci ildə yaradılmışdır. Kafedraya uzun müddət görkəmli tarixçi prof. Zülfəli İbrahimov rəhbərlik etmişdir. Kafedrada Məmməd Qazıyev, Məmməd Əfəndiyev, Yevgeni Tokarjevski, Qurban Bayramov, Süleyman Əliyarlı və başqa tanınmış tarixçilər çalışmışlar. Kafedra 1991-ci ildə iki müstəqil kafedraya (Azərbaycanın qədim və orta əsrlər tarixi və Azərbaycanın yeni və müasir tarixi kafedrası) ayrılmışdır. 2001-ci ildə hər iki kafedranın bazasında iki Azərbaycan tarixi kafedrası yaradılmışdır. Həmin əmrlə kafedra Azərbaycan tarixi (təbiət fakültələr üzrə) kafedrası adlandırılıb. Kafedraya 1991-2001-ci illərdə Əməkdar elm xadimi, prof. Süleyman Əliyarlı, 2001-2005-ci illərdə prof. Seyidağa Onullahi rəhbərlik etmişlər.
2005-ci ildən kafedra müdiri dos.Mehman Abdullayevdir. Dos. M.Q.Abdullayevin elmi tədqiqat istiqaməti XVIII-XIX əsrlərdə Azərbaycanda aqrar münasibətlər mövzusudur. 150-dən artıq elmi məqalənin, 1 monoqrafiyanın, dərslik və dərs vəsaitlərinin müəllifidir.
Hazırda kafedrada professorlar Sevda Süleymanova, Zabil Bayramov, dosentlər Mehman Abdullayev, Yunis Nəsibov, Bəymirzə Şabiyev, Rəsul Hüseynli, Lalə Əliyeva, Arzu Məmmədova, Almaz Cavadova,Ülviyyə İbrahimova, fəlsəfə doktoru-baş müəllimlər Rabil Süleymanlı, Ərşad Həsənov, Nurlana Cavanşir, 2 fəlsəfə doktoru-müəllimlər Zəhra İslamova, Aysel Qəribova, 1 nəfərdən ibarət tədris-köməkçi heyət Səlimə Quliyeva çalışır.
Kafedra qədim, orta əsrlər və yeni dövr Azərbaycan tarixinin aktual problemlərinin araşdırılması istiqamətində elmi-tədqiqat işləri aparır. 2001-2024-cü illərdə kafedra əməkdaşlarının bir sıra monoqrafiyaları, dərslik və dərs vəsaitləri nəşr edilmişdir: «Kitabi-Dədə Qorqud» eposu və Azərbaycan tarixinin konseptual problemləri», «Azərbaycan tarixi. Uzaq keçmişdən 1870-ci illərə qədər» (S.S.Əliyarlı); «Azərbaycanda ictimai-siyasi hərəkat. XIX yüzilliyin sonu – XX yüzilliyin əvvəli» (S.Y.Süleymanova); «Azərbaycan xalqının milli istiqlal mübarizəsi. XIX əsrin sonu – XX yüzilliyin əvvəlləri» (X.M.Məmmədov); «Xanlıqlar və rus müstəmləkəçiliyi dövründə Şimali Azərbaycanda aqrar münasibətlər (XIX əsrin 40-cı illərinədək)» (M.Q.Abdullayev); «Azərbaycan Səfəvi dövlətinin quruluşu və idarə sistemi» (Z.H.Bayramov), «Car-Balakən camaatlığı (XVII əsrin sonu – XIX əsrin əvvəlləri)» (A.Ə.Məmmədova), qeyri-tarix fakültələri üçün «Azərbaycan tarixi» dərsliyi (Azərbaycan, rus,ingilis dillərində) (red. M.Q.Abdullayev), Azərbaycan Səfəvi dövlətinin İrəvan vilayəti (monoqrafiya) (B.Ş.Şabiyev), Azərbaycan tarixinin farsdilli qaynaqları. Monaqrafiya (Z.H.Bayramov), Azərbaycanda ictimai-siyasi hərəkat (XIX əsrin sonu- XX əsrin əvvəlləri) (monoqrafiya)(S.Süleymanova), Azərbaycan tarixi (ən qədim zamanlardan-XXI əsrin ilk onilliklərinədək) (metodik vəsait) (A. Cavadova, Ü.İbrahimova) Kafedra bakalavr pilləsində 7, magistr pilləsində 8 fənni tədris edir.