Səfyar Bəylər oğlu Musayev 1935-ci il iyulun 15-də Ermənistan SSR Basarkeçər rayonunun Nərimanlı kəndində anadan olmuşdur. 1953-cü ildə Böyük Məzrə kənd orta məktəbini qızıl medalla bitirmiş və həmin ildə Azərbaycan Dövlət Universitetinin Tarix fakültəsinə qəbul olunmuşdur. 1958-ci ildə fakültəni fərqlənmə diplomu ilə bitirmiş və təyinatla Basarkeçər rayonunun Çaxırlı kənd orta məktəbinə müəllim kimi göndərilmişdir.
1959-cu ilin axırlarında Azərbaycan SSR Nazirlər Soveti yanında Dövlət Təhlükəsizlik Komitəsinin tövsiyəsi ilə Vilnüs şəhərindəki Dövlət Təhlükəsizliyi məktəbinə göndərilmiş və orada 2 illik kursu bitirmişdir. Bir müddət “Sovet Ermənistanı” qəzetinin Basarkeçər, Martuni, Kamo və Krasnoselsk rayonları üzrə xüsusi müxbiri işləmişdir.
1962-ci ildə Azərbaycan Dövlət Universitetinin aspiranturasına qəbul olunmuşdur. 1965-ci ildə “Azərbaycanda fəhlə-kəndli müfəttişliyinin fəaliyyəti (1920-1923-cü illər)” mövzusunda namizədlik, 1979-cu ildə isə “Azərbaycan Kommunist Partiyası Mərkəzi Nəzarət komissiyasının təşkili və fəaliyyəti tarixindən (1920-1934-cü illər)” mövzusunda doktorluq dissertasiyası müdafiə etmişdir. 1979-cu ildə tarix elmləri doktoru elmi dərəcəsi, 1981-ci ildə isə professor elmi adı almışdır.
1966-cı ildən Azərbaycan Dövlət Universitetinin Sov.İKP tarixi kafedrasında müəllim, dosent, kafedranın professoru və 1986-cı ildən ömrünün sonuna qədər Siyasi tarix (humanitar fakültələr üzrə) kafedrasının müdiri vəzifəsində işləmişdir.
Onun rəhbərliyi ilə 25 nəfər namizədlik, 5 nəfər isə doktorluq dissertasiyası müdafiə etmişdir.
S.Musayev 300-dən çox elmi məqalənin, 6 monoqrafiyanın, 3 kitabın və “Siyasi tarix” dərsliyinin müəllifidir. Fransa, Türkiyə, Cin, Bolqarıstan və s. ölkələrdə işgüzar səfərlərdə olmuşdur.
S.Musayev 1995-ci ildən Azərbaycan Respublikası Milli Məclisinin deputatı, İnsan Hüquqları Daimi Komissiyasının sədri, həmcinin MDB Ölkələri Parlamentlərarası Assambleyasının İnsan Hüquqları daimi komissiyasının sədri olmuşdur. 3 medalla təltif edilmişdir.
S.Musayev 1999-cu ildə vəfat etmiş və Fəxri Xiyabanda dəfn olunmuşdur.