1956-cı ildə Masallı rayonunun Kolatan kəndində anadan olmuşdur. 1973 1978-ci illərdə BDU-nun tarix fakültəsini bitirmişdir. 1984-cü ildən BDU-nun «Mənbəşünaslıq, tarixşünaslıq və metodika» kafedrasında çalışır. 1978-ci ildə BDU-nun Tarix fakültəsini bitirmişdir.1989-cu ildə «Azərbaycanda sovet hakimiyyətinin qurulması və möhkəmləndirilməsinin tarixşünaslığı» mövzusunda namizədlik dissertasiyası müdafiə etmişdir.2004-cü ildə «Azərbaycanda 1917-1918-ci illərdə türk-müsəlman soyqırımı probleminin tarixşünaslığı» mövzusunda doktorluq dissertasiyası müdafiə etmişdir. 2004-cü ilin dekabrından Azərbaycan Respublikasının Prezidenti yanında Ali Attestasiya Komissiyasının qərarı ilə tarix elmləri doktoru elmi dərəcəsi, 2005-ci ildə isə professor elmi adı almışdır. A.İsgəndərov Respublikada və Respublikadan kənarda 1917-1920-ci illər Azərbaycan tarixinin görkəmli mütəxəssislərdən biri kimi tanınır. 2019-cu ildə Dövlət başçısının daha bir sərəncamı ilə Bakı Dövlət Universitetinin 100 illiyi münasibətilə və Azərbaycanda təhsilin və elmin inkişafındakı xidmətlərinə görə Bakı Dövlət Universitetinin “Azərbaycan Respublikası Prezidentinin fəxri diplomu” ilə təltif edilib.
1978-1981-ci illərdə Boradigah qəsəbə orta məktəbində direktor müavini, sonra isə Kolatan orta məktəbində tarix müəllimi işləmişdir. 1982-ci ilin yanvarından 1984-cü ilin fevralına kimi Azərbaycan Neft və Kimya İnstitutunun (indiki Azərbaycan Dövlət Neft və Sənaye Universiteti) "Fəlsəfə" kafedrasında kabinet müdiri vəzifəsində çalışmış, eyni zamanda, həmin İnstitutun "Kimya texnologiyası" fakültəsinin azad komsomol təşkilat katibi seçilmişdir. 1984-cü ilin martından Bakı Dövlət Universitetinin tarix fakültəsinin «Mənbəşünaslıq, tarixşünaslıq və metodika» kafedrasında çalışmağa başlamışdır. 1989-1999-cu illərdə tarix fakültəsinin "Mənbəşünaslıq, tarixşünaslıq və metodika" kafedrasında müəllim, baş müəllim, dosent vəzifələrində çalışmışdır. 1999-cu ildə Bakı Dövlət Universitetinin Tarix fakültəsinin "Mənbəşünaslıq, tarixşünaslıq və metodika" kafedrasının müdiri vəzifəsinə seçilmişdir.
A.İsgəndərov Azərbaycan Respublikasının Prezidenti yanında Ali Attestasiya Komissiyasının tarix və siyasi elmlər üzrə Ekspert Şurasının sədri, Universitet və fakültə Elmi Şuralarının, Qafqaz Müsəlmanları İdarəsinin Elmi-Dini Şurasının, Azərbaycan-Türkiyə Tarixinin Araşdırma Fondunun (ATAF) Himayəçilər Şurasının üzvüdür. Anar İsgəndərov "Tarix və onun problemləri", "Dirçəliş", "Kəlam", "Yaşıl çay" jurnallarının redaksiya şurasının üzvüdür.
Anar İsgəndərov ilk dəfə olaraq 90 il ərzində 1918-ci ilin mart soyqırımı ilə bağlı yazılmış əsərləri dövriyyəyə cəlb etmiş və tarixşünaslıq baxımından onların elmi təhlilini vermişdir. Dəfələrlə Beynəlxalq və Respublika elmi konfranslarında vətən tarixinin aktual problemləri ilə bağlı maraqlı məruzələr etmişdir. 1998-ci ildə Anka¬rada Türkiyə Cümhuriyyətinin 75 illiyinə həsr olunmuş beynəlxalq elmi konfransda maraqlı məruzəsinə görə Türkiyə Cümhuriyyətinin baş nazirinin qol saatı və "Altun" medalı. 2008-ci ildə Türkiyə və Azərbaycan tarixinin tədqiqində maraqlı araşdırmalarına görə "Azərbaycan və Digər Türkdilli Xalqların Əməkdaşlıq Mərkəzinin" "Qızıl döş nişanı", 2009-cu ildə isə Bakı Dövlət Universitetinin 90 illik yubileyi ilə bağlı Azərbaycan Respublikası Prezidentinin sərəncamı ilə "Tərəqqi" medalı ilə təltif olunmuşdur. 2016-cı il yanvarın 11-də Azərbaycan Respublikası Prezidentinin sərəncamı ilə Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti dövrünün tədqiqində xidmətlərinə görə III dərəcəli "Vətən xidmətə görə" ordeni ilə təltif olunmuşdur. Hazırda Azərbaycan Respublikası Milli Məclisinin VI çağırış deputatıdır.