Cəfər Cəfərov Məmməd oğlu 1960-cı il aprel ayının 21-də Naxçıvan şəhərində mühəndis ailəsində anadan olmuşdur. 1977-ci ildə Bakı şəhəri 158 №-li orta məktəbi bitirmiş və Azərbaycan Dövlət Universitetinin (indiki Bakı Dövlət Universiteti) Tarix fakültəsinə daxil olmuşdur. 1980-1983-cü illərdə Universitetin göndərişi əsasında təhsilini Moskva Dövlət Universitetinin (MDU) Tarix fakültəsində davam etdirmişdir. 1983-cü ildə MDU-nun Tarix fakültəsinin aspiranturasına daxil olmuş, 1987-ci ildə dissertasiya işini müdafiə edərək tarix elmləri namizədi alimlik dərəcəsi almışdır. Moskvada təhsil alan Azərbaycan Tələbə və Aspirantları Şurasının sədr müavini olmuşdur.
1987-1994-cu illərdə Bakı Dövlət Universitetinin Tarix fakültəsində böyük laborant, “Azərbaycan tarixi” kafedrasının müəllimi, baş müəllimi, dosenti, 1990-1994-cü illərdə BDU-da Tarix üzrə ixtisaslaşmış doktorluq şurasının elmi katibi, 1992-1994-cü illərdə Tarix fakültəsinin dekan müavini vəzifəsində işləmişdir.
1994-1998-ci illərdə Azərbaycan Respublikası Gənclər və İdman Nazirliyinin Gənclərlə İş üzrə Baş İdarəsinin rəisi vəzifəsində çalışmışdır.
1998-2003-cü illərdə BMT İnkişaf Proqramı və Azərbaycan hökumətinin “Azərbaycanda QHT/İƏT-lərin institusional potensialının artırılması ilə Vətəndaş Cəmiyyətinin gücləndirilməsi” birgə layihəsinin milli koordinatoru olmuşdur.
2003-2004-cü illərdə Beynəlxalq Mətbuat Mərkəzinin (BMM) direktoru vəzifəsində işləmişdir.
2004-2006-cı illərdə BMT İnkişaf Proqramı və Azərbaycan hökumətinin “ Azərbaycan Respublikasında yoxsulluğun azadılması məqsədilə daxili turizmin səmərəli inkişafının təmin olunması üzrə Azərbaycan Respublikasının Gənclər, İdman və Turizm nazirliyinə institusional yardım” birgə layihəsinin milli koordinatoru olmuşdur.
2013-cü il 17 fevral tarixində Azərbaycan Respublikasının Prezidenti yanında Ali Attestasiya Komissiyasının qərarı ilə professor elmi adi verilib.
2006-2014-cü illərdə Azərbaycan Turizm İnstitutunun rektoru, 2014-2016-cı illərdə isə Azərbaycan Turizm və Menecment Universitetinin rektoru vəzifələrində çalışmışdır[1].
Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 23 iyun 2016-cı il tarixli Sərəncamı ilə Cəfər Cəfərov Azərbaycan Dövlət Pedaqoji Universitetinin rektoru təyin edilmişdir.
2017-ci ildə Applied Sciences Krems IMC Universitetinin təqaüdçüsü adına layiq görülmüşdür.
2017-ci ildə "Humanist Pedaqogika Beynəlxalq Mərkəzi" tərəfindən "Humanist pedaqogikanın cəngavəri - "Ürək və Qu quşu" qızıl nişanı təqdim edilib.
2018-ci ildə Əbu-Dabidəki Paris-Sorbon Universitetinin İkitərəfli əməkdaşlığın möhkəmləndirilməsindəki səylərinə görə fəxri fərmanına layiq görülmüşdür.
2019-cu ildən Respublika Elmi Tədqiqatların Əlaqələndirilməsi Şurası: Azərbaycan tarixi üzrə Elmi Şurasının üzvüdür.
2019-cu ildə “Azərbaycan Xalq Cümhuriyyətinin 100 illiyi (1918-2018)” və “Bakı Dövlət Universitetinin 100 illiyi (1919-2019)” Azərbaycan Respublikasının yubiley medalları ilə təltif olunmuşdur.
2020-ci ildə Türkiyənin Ali Təhsil Keyfiyyət Şurasının Xarici Qiymətləndiricisi (ekspert) seçilmişdir.
2021-ci il 17 dekabr tarixində Azərbaycan Respublikasının Prezidentinin Sərəncamı ilə "Şöhrət" ordeni ilə təltif edilmişdir.
Azərbaycanda keçirilmiş bir sıra, o cümlədən də xaricdə keçirilmiş 100-dən çox beynəlxalq seminar, konfrans və simpoziumların iştirakçısı olmuşdur. Müasir Azərbaycan tarixi, demokratikləşmə, mülki cəmiyyətin inkişafı, dövlət idarəçiliyi, turizmin inkişafı ilə bağlı Azərbaycanda və xaricdə nəşr olunmuş 90-a yaxın elmi əsərin müəllifidir. Rus, ingilis, türk dillərində sərbəst danışır. 2016-cı ildən Azərbaycan Dövlət Pedoqoji Universitetinin rektorudur.